Phylogenetic summary of protein families

This page provides a summary of the Ensembl phylogenetic analysis of protein families. The following views are available:

Statistics about the gene tree nodes

Species# Nodes# speciation nodes# duplication nodes# dubious nodesNode typesAverage duplication confidence scoreAverage duplication confidence score (non-dubious nodes)
Animals and Fungi (Opisthokonta)2682238326831
45.8 %51.1 %
Bilateral animals (Bilateria)937771971396784
18.1 %28.3 %
Arthropods and nematodes (Ecdysozoa)37643685790
65.8 %65.8 %
Chordates (Chordata)943473801433621
16.7 %24.0 %
Ciona sea squirts (Ciona)8839740914300
77.4 %77.4 %
Vertebrates (Vertebrata)212481300453592885
14.4 %22.1 %
Jawed vertebrates (Gnathostomata)268451563054115804
9.4 %19.5 %
Bony vertebrates (Euteleostomi)395282587567086945
6.4 %13.0 %
Bony fishes (Actinopterygii)17064151121250702
13.5 %21.0 %
Ray-finned fishes (Neopterygii)16600147061291603
14.7 %21.5 %
Osteoglossocephalai306122177964202413
24.3 %33.4 %
Teleost fishes (Clupeocephala)412523115253874713
14.5 %27.2 %
Otomorpha2174120904407430
17.5 %35.9 %
Teleost fishes (Otophysi)2202721472401154
33.1 %45.8 %
Cyprinoidei2160620318127810
68.0 %68.5 %
Cyprininae5214134890172510
88.8 %88.8 %
Characiphysae3822837561503164
39.8 %52.7 %
Characoidei19908195183900
68.8 %68.8 %
Herrings and anchovies (Clupeiformes)15814157011130
61.5 %61.5 %
Euteleosteomorpha286982547316661559
10.7 %20.7 %
Teleost fishes (Acanthomorphata)19946181065621278
6.6 %21.6 %
Euacanthomorphacea25776203148694593
2.3 %14.6 %
Teleost fishes (Percomorphaceae)185144142031562837485
1.8 %14.0 %
Teleost fishes (Ovalentaria)40755391146351006
10.8 %27.9 %
Silverside fishes (Atherinomorphae)1943818868207363
12.4 %34.0 %
Oryzias580115596420470
68.9 %68.9 %
Killifishes and others (Cyprinodontiformes)2028019748314218
23.2 %39.4 %
Aplocheiloidei1464914598510
66.7 %66.7 %
Cyprinodontoidei4006139102851108
42.6 %48.0 %
Live-bearing aquarium fishes (Poeciliinae)2400822337959712
27.0 %47.0 %
Poecilia39179384167630
65.0 %65.0 %
Xiphophorus16554162702840
67.4 %67.4 %
Cichlids (Cichlidae)205531963582296
47.8 %53.4 %
Pseudocrenilabrinae484274339632181813
31.5 %49.2 %
Haplochromini635466189816480
61.8 %61.8 %
Damselfishes (Pomacentridae)394193882551777
51.4 %59.0 %
Amphiprion20258196186400
76.9 %76.9 %
Teleost fishes (Eupercaria)70381672853112785
4.3 %42.3 %
Perches and others (Perciformes)318793165666157
16.2 %54.7 %
Cottioidei1350413489150
73.3 %73.3 %
Eupercaria incertae sedis1353913524150
53.3 %53.3 %
Puffers (Tetraodontidae)14576144521240
69.8 %69.8 %
Carangaria315033113172300
8.8 %45.4 %
Seriola20219197474720
74.7 %74.7 %
Pleuronectoidei46994685140
57.1 %57.1 %
Anabantaria13372133341820
24.1 %50.9 %
Anabantoidei1105310966870
68.4 %68.4 %
Protacanthopterygii2281721489125969
47.4 %50.0 %
Trouts, salmons & chars (Salmoninae)10210178175214462480
62.0 %69.2 %
Oncorhynchus707436770330400
70.3 %70.3 %
Salmo344133235920540
77.6 %77.6 %
Bonytongues (Osteoglossiformes)194161782615900
82.0 %82.0 %
Lobe-finned fish (Sarcopterygii)1397112763401807
4.5 %13.6 %
Tetrapods (Tetrapoda)1718915329963897
7.8 %15.2 %
Frogs & toads (Anura)15404146747300
73.6 %73.6 %
Amniotes (Amniota)313702216235425666
4.0 %10.4 %
Mammals (Mammalia)16060144026541004
7.9 %20.0 %
Marsupials and Placental mammals (Theria)213541835716761321
10.1 %18.1 %
Placentals (Eutheria)7094145537618119223
2.5 %10.4 %
African mammals (Afrotheria)22421222751460
62.1 %62.1 %
Xenarthran mammals (Xenarthra)826081491110
65.3 %65.3 %
Placental mammals (Boreoeutheria)5573337104497813651
2.5 %9.3 %
Laurasiatherian mammals (Laurasiatheria)889148279415004620
4.1 %16.7 %
Insectivores (Eulipotyphla)53795354250
68.0 %68.0 %
Carnivores (Carnivora)2163820768375495
12.7 %29.5 %
Caniforms (Caniformia)3844537731432282
23.0 %38.1 %
Dog, coyote, wolf, fox (Canidae)1859717421795381
44.8 %66.3 %
Gray wolf (Canis lupus)17365167745910
77.2 %77.2 %
Bears (Ursidae)1665916234269156
36.7 %58.1 %
Ursus14487141703170
64.0 %64.0 %
Mustelinae15633153442890
70.2 %70.2 %
Cat family (Felidae)1702916309475245
35.6 %54.0 %
Panthera32563322982650
61.5 %61.5 %
Equus183251705712680
77.1 %77.1 %
Bats (Chiroptera)122631203431198
6.0 %44.1 %
Yinpterochiroptera1243312419140
53.6 %53.6 %
Cetaceans and Even-toed ungulates (Artiodactyla)5849457362708424
19.1 %30.6 %
Pecora40719378411938940
30.5 %45.3 %
Bovids (Bovidae)2060219792441369
22.4 %41.2 %
Caprinae16735163014340
71.3 %71.3 %
Bovinae20604184049181282
19.8 %47.5 %
Cattle (Bos)537325192118110
73.4 %73.4 %
Suina16501162782230
73.3 %73.3 %
Camelidae961694971190
59.7 %59.7 %
Whales & dolphins (Cetacea)1874317658700385
27.6 %42.8 %
Tooth whales (Odontoceti)4967148784548339
32.5 %52.6 %
Monodontidae1593615846900
68.3 %68.3 %
Primates and Rodents (Euarchontoglires)471544109012124852
2.4 %12.2 %
Rodents and rabbits (Glires)1536914794141434
5.1 %21.0 %
Rabbits, Hares and Pikas (Lagomorpha)1060510507980
67.9 %67.9 %
Rodents (Rodentia)5291351700543670
12.8 %28.6 %
Sciuridae180401761241810
56.3 %57.7 %
Marmotini34002331408620
63.6 %63.6 %
Mice and others (Myomorpha)145161433610575
28.5 %48.8 %
Muroidea38379367821237360
37.6 %48.5 %
Old World rodents (Murinae)192001856058753
56.4 %61.4 %
Mice (Mus)1908918585395109
45.4 %58.0 %
Mus589655751614490
66.0 %66.0 %
Cricetidae3570735298301108
41.5 %56.4 %
Hamsters (Cricetinae)15470153471230
60.6 %60.6 %
Guinea pigs and others (Hystricomorpha)46311458484630
58.1 %58.1 %
Primates (Primates)2126620261318687
6.8 %21.4 %
Dry-nosed primates (Haplorrhini)128091261910684
12.0 %21.5 %
Simians (Simiiformes)267302315123491230
22.7 %34.6 %
Apes and Old World monkeys (Catarrhini)277512473715971417
16.3 %30.8 %
Old World monkeys (Cercopithecidae)2270721129738840
17.2 %36.7 %
Rhinopithecus17885175992860
71.7 %71.7 %
Old World monkeys (Cercopithecinae)774007442518451130
35.2 %56.7 %
Macaques (Macaca)334633233611270
72.2 %72.2 %
Apes (Hominoidea)1928018366457457
20.4 %40.8 %
Great apes (Hominidae)1813417814195125
28.2 %46.3 %
Hominines (Homininae)3793537190509236
36.9 %54.0 %
Chimpanzees (Pan)18820186771430
68.2 %68.2 %
New World monkeys (Platyrrhini)1934717855902590
27.2 %45.0 %
Cebidae31608312823260
62.8 %62.8 %
Wet nose lemurs (Strepsirrhini)15028149307523
33.7 %44.0 %
Lemuriformes31152308513010
58.7 %58.7 %
Marsupials (Marsupialia)35566335531621392
42.8 %53.2 %
Diprotodontia30064295385260
70.6 %70.6 %
Reptiles and birds (Sauria)267662153814263802
6.1 %22.5 %
Lizards & snakes (Lepidosauria)123561215214856
26.0 %35.8 %
Episquamata21233182819352017
12.2 %38.4 %
Laterata1394613866800
65.0 %65.0 %
Toxicofera12113120089510
35.3 %39.1 %
Elapidae33047305701643834
33.4 %50.4 %
Hydrophiinae13999137842150
65.3 %65.3 %
Birds and turtles (Archelosauria)1829417185354755
7.9 %24.6 %
Archosauria115091133148130
5.4 %20.1 %
Birds (Aves)15192130663341792
3.8 %24.5 %
Birds (Neognathae)20470180443322094
3.1 %22.8 %
Core landbirds (Telluraves)1500414022101881
3.0 %29.2 %
Australaves11644115922626
15.5 %31.0 %
Perching birds (Passeriformes)44442399513834108
3.9 %46.3 %
Passeroidea78817859220
61.4 %61.4 %
Fowls (Galloanserae)142151405454107
12.3 %36.6 %
Waterfowl (Anatidae)12648124801680
65.2 %65.2 %
Turkeys (Phasianidae)26429260503790
60.4 %60.4 %
Hidden-necked turtles (Cryptodira)1523414502609123
39.7 %47.7 %
Testudinoidea216371919913961042
29.4 %51.3 %
Tortoises (Testudinidae)15300150162840
65.7 %65.7 %
Terrapins (Emydidae)15939154824570
63.1 %63.1 %
Jawless vertebrates (Cyclostomata)627154578140
65.4 %65.4 %